申请三类医疗器械经营许可证的审批程序一般包括以下主要步骤和流程：

1. 提交申请材料

申请者需准备并提交完整的申请材料，包括企业基本信息、质量管理体系文件、经营场所证明、产品注册或备案证明等。

2. 初步审查

监管部门收到申请后，会进行初步审查，验证申请材料的完整性和合规性。这一阶段通常包括检查以下内容：

申请表格：确保填写完整准确。

企业基本资料：如营业执照、组织机构代码证等。

质量管理体系文件：质量手册、SOP文件等。

经营场所证明：租赁合同或房产证明等。

产品注册或备案证明：医疗器械产品的注册证书或备案凭证。

3. 现场核查（部分情况下）

根据申请材料的初步审查结果，监管部门可能安排现场核查，以确认申请者的经营场所和质量管理体系的实际情况是否与申请材料一致。

4. 技术评估和法律审查

通过初步审查和现场核查后，监管部门会进行技术评估和法律审查：

技术评估：评估申请者的技术能力、产品质量和安全管理能力。

法律审查：确保申请者及其经营的医疗器械符合国家和地方相关的法律法规要求，如《医疗器械监督管理条例》等。

5. 终决策和审批

经过审查、评估和审查后，监管部门将做出终决策：

如果申请符合所有要求，监管部门将发出批准通知。

批准通知后，申请者需要按要求前往领取三类医疗器械经营许可证。

6. 许可证的颁发和有效期管理

申请者获得许可证后，需要注意以下管理事项：

许可证颁发：按照审批通知的要求前往领取许可证。

有效期管理：三类医疗器械经营许可证的有效期一般为5年。在有效期届满前，申请者需要申请延续登记或更新许可证。