医疗器械经营许可证是从事医疗器械经营活动的单位必须取得的资质证书，其申请流程一般包括以下步骤：

准备材料：首先，申请单位需要准备相关的申请材料，包括《医疗器械经营企业申请表》、法人营业执照、组织机构代码证、经营场所租赁合同、经营管理人员的相关资格证明等。

申请递交：将准备好的申请材料递交至当地食品药品监督管理部门，进行正式的申请。

初审：食品药品监督管理部门对递交的申请材料进行初步审核，确认是否符合法定条件和规定。

现场核查：通过初审后，食品药品监督管理部门会安排现场核查，检查申请单位的经营场所、设施设备、管理制度等是否符合要求。

技术评估：部分地区还会对申请单位的技术人员进行技术评估，确保具备从事医疗器械经营活动所需的知识和技能。

综合评审：食品药品监督管理部门综合考虑申请单位的各项情况，进行综合评审，决定是否发放医疗器械经营许可证。

颁发许可证：经过审核和评审通过后，食品药品监督管理部门会颁发医疗器械经营许可证给申请单位，标志着可以合法开展医疗器械经营活动。